第一条 为规范国际运输船舶增值税退税管理，根据《财政部 交通运输部 税务总局关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》(财税〔2020〕41号)、《财政部 交通运输部 税务总局关于中国(上海)自由贸易试验区临港新片区国际运输船舶有关增值税政策的通知》(财税〔2020〕52号)规定，制定本办法。
第二条 运输企业购进符合财税〔2020〕41号文件第一条或者财税〔2020〕52号文件第一条规定条件的船舶，按照本办法退还增值税(以下简称“船舶退税”)。
应予退还的增值税额，为运输企业购进船舶取得的增值税专用发票上注明的税额。
第三条 主管运输企业退税的税务机关(以下简称“主管税务机关”)负责船舶退税的备案、办理及后续管理工作。
第四条 适用船舶退税政策的运输企业，应于首次申报船舶退税时，凭以下资料及电子数据向主管税务机关办理船舶退税备案：
(一)内容填写真实、完整的《出口退(免)税备案表》及其电子数据。该备案表由《国家税务总局关于出口退(免)税申报有关问题的公告》(2018年第16号)发布。其中，“是否提供零税率应税服务”填写“是”;“提供零税率应税服务代码”填写“01(国际运输服务)”;“出口退(免)税管理类型”填写“船舶退税运输企业”;其他栏次按填表说明填写。
(二)运输企业从事国际运输和港澳台运输业务的证明文件。从事国际散装液体危险货物和旅客运输业务的，应当提供交通运输管理部门出具的《国际船舶运输经营许可证》复印件(复印件上应注明“与原件一致”，并加盖企业公章，下同);从事国际集装箱和普通货物运输的，应提供交通运输管理部门的备案证明材料复印件。从事内地往返港澳散装液体危险货物和旅客运输业务的，应提供交通运输管理部门出具的批准文件复印件;从事内地往返港澳集装箱和普通货物运输的，应提供交通运输管理部门出具的备案证明材料复印件;从事大陆与台湾地区间运输的，应提供《台湾海峡两岸间水路运输许可证》及《台湾海峡两岸间船舶营运证》复印件。
上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
第五条 本办法施行前，已办理出口退(免)税备案的运输企业，无需重新办理出口退(免)税备案，按照本办法第四条规定办理备案变更即可。
运输企业适用船舶退税政策的同时，出口货物劳务或者发生增值税零税率跨境应税行为，且未办理过出口退(免)税备案的，在办理出口退(免)税备案时，除本办法第四条规定的资料外，还应按照现行规定提供其他相关资料。
第六条 运输企业备案资料齐全，《出口退(免)税备案表》填写内容符合要求，签字、印章完整的，主管税务机关应当予以备案。备案资料或填写内容不符合要求的，主管税务机关应一次性告知运输企业，待其补正后再予以备案。
第七条 已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输(或港澳台运输)业务等情形，不再符合财税〔2020〕41号文件、财税〔2020〕52号文件退税条件的，应自条件变化之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。自条件变更之日起，运输企业停止适用船舶退税政策。
未按照本办法规定办理退税备案变更并继续申报船舶退税的，主管税务机关应按照本办法第十四条规定进行处理。
第八条 运输企业船舶退税的申报期限，为购进船舶之日(以发票开具日期为准)次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。
第九条 运输企业在退税申报期内，凭下列资料及电子数据向主管税务机关申请办理船舶退税：
(一)财税〔2020〕41号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件，或者财税〔2020〕52号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件。其中，已向主管税务机关提供过的资料，如无变化，可不再重复提供。
(二)《购进自用货物退税申报表》及其电子数据。该表在《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》(2012年第24号)发布。填写该表时，应在业务类型栏填写“CBTS”,备注栏填写“船舶退税”。
(三)境内建造船舶企业开具的增值税专用发票及其电子信息。
(四)主管税务机关要求提供的其他资料。
上述增值税专用发票，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
第十条 运输企业申报船舶退税，主管税务机关经审核符合规定的，应按规定及时办理退税。审核中发现疑点，主管税务机关应在确认运输企业购进船舶取得的增值税专用发票真实、发票所列船舶已按规定申报纳税后，方可办理退税。
第十一条 运输企业购进船舶取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报船舶退税;已用于船舶退税的，不得用于进项税额抵扣。
第十二条 已办理增值税退税的船舶发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输(或港澳台运输)业务等情形，不再符合财税〔2020〕41号文件、财税〔2020〕52号文件退税条件的，运输企业应在条件变更次月纳税申报期内，向主管税务机关补缴已退税款。未按规定补缴的，税务机关应当按照现行规定追回已退税款。
应补缴税款=购进船舶的增值税专用发票注明的税额×(净值÷原值)
净值=原值-累计折旧
第十三条 已办理增值税退税的船舶发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输(或港澳台运输)业务等情形，不再符合财税〔2020〕41号文件、财税〔2020〕52号文件规定，并已经向主管税务机关补缴已退税款的运输企业，自取得完税凭证当期起，可凭从税务机关取得解缴税款的完税凭证，从销项税额中抵扣完税凭证上注明的增值税额。
第十四条 运输企业采取提供虚假退税申报资料等手段，骗取船舶退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
第十五条 本办法未明确的其他退税管理事项，按照现行出口退(免)税相关规定执行。
第十六条 符合财税〔2020〕41号文件规定情形且《船舶所有权登记证书》的签发日期在2020年10月1日至2024年12月31日期间的运输企业，以及符合财税〔2020〕52号文件规定情形且《船舶所有权登记证书》的签发日期在2020年11月1日至2024年12月31日期间的运输企业，按照本办法办理船舶退税相关事项。
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