一、关于清算单位确认问题
（一）对于符合土地增值税清算条件，属于分批取得立项批文、整体开发、统一核算的房地产项目，清算时原则上应作为一个清算单位。
（二）对于分期开发房地产项目，符合下列情形之一的，应视为分期项目：
1.同一开发项目内，房地产开发企业以分期销售形式开发并能够分别核算各期收入和扣除项目的。
2.同一开发项目内，房地产开发企业分期取得初始产权登记证明的。
（三）对于分期开发房地产项目，以分期项目作为清算单位；但是，如果分期项目符合土地增值税清算条件且未清算的，清算时应将符合清算条件的各分期项目合并作为一个清算单位。
二、房地产开发项目符合下列条件之一的，应视为已竣工验收：
（一）开发产品竣工证明材料已报政府有关部门备案。
（二）开发产品已取得初始产权登记证明。
三、关于转让房地产行为发生时间的确认问题
（一）房地产开发企业销售房地产的，以签订房地产销售合同之日确认为转让房地产行为发生时间。
（二）法院等有权部门对房地产开发企业的房地产实施强制拍卖、变卖的，以拍卖、变卖成交之日确认为转让房地产行为发生时间。
四、关于土地增值税计税收入确认问题
（一）房地产开发企业与购买方未签订房地产销售合同，房地产开发企业收取的订金、定金、违约金和赔偿金，不得确认收入；房地产开发企业与购买方签订房地产销售合同后，房地产开发企业收取的订金、定金以及由于购买方违约而产生的违约金和赔偿金，确认为收入。
（二）房地产开发企业折扣转让房地产的，按以下情形确认土地增值税计税收入：
1.房地产销售合同和转让房地产发票所载折扣后的价款一致的，以此价款确认收入。
2.房地产销售合同和转让房地产发票所载折扣后的价款不一致，已全额开具转让房地产发票的，按发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以房地产销售合同所载的转让房地产价款及其他收益确认收入。
（三）房地产开发企业作为委托方以支付代销费、包销费等费用方式委托其他单位或个人作为受托方代销、包销房地产，委托方与受托方之间没有发生房地产产权转移的，房地产开发企业在确认收入时不得扣除相应的代销费、包销费等费用。
（四）房地产开发企业在转让房地产时代收的税款，不确认为收入。
五、关于预征土地增值税问题
（一）房地产开发项目全部竣工结算后，办理清算手续前，转让房地产取得收入的，应按规定预征土地增值税。
（二）办理清算手续前用建造的本项目房地产安置回迁户的，应按规定预征土地增值税。
（三）办理清算手续过程中转让房地产取得收入，未取得清算书面审核结果的，应继续按规定预征土地增值税。取得清算书面审核结果后，应按187号文第八条规定处理。
（四）法院等有权部门对房地产开发企业的房地产实施强制拍卖、变卖后，房地产开发企业未按规定的期限办理土地增值税申报手续，经主管税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的，应按有关规定核定征收土地增值税，不得预征土地增值税。
六、关于土地增值税清算时合法有效凭证确认问题
（一）由于历史遗留问题，在土地出让方式统一实行“招、拍、挂”之前，即2002年12月1日以前房地产开发企业以出让方式取得土地使用权、支付土地出让金没有取得合法有效凭证的，房地产开发企业向主管税务机关递交报告并同时符合以下两个条件的，经清算小组合议确定后，可准予扣除：1.能提供批准出让土地的政府有关部门的证明资料；2.按当年政府规定的土地出让金标准并实际支付的。
2002年12月1日以后取得土地使用权的，根据187号文第四条第一项规定，房地产开发企业不能提供合法有效凭证的，计算扣除项目金额时不予扣除。
（二）房地产开发企业以转让的形式取得土地使用权并支付相应的土地价款的，应取得相应的发票。2002年12月1日以前房地产开发企业支付土地价款取得农村集体经济组织、乡镇企业和村委会的土地使用权、没有取得合法有效凭证的，房地产开发企业向主管税务机关递交报告并同时符合以下两个条件的，经清算小组合议确定后，可准给予扣除：1.提供相关的土地使用权转让协议；2. 收款方盖有公章的收款凭据。
（三）房地产开发企业支付被拆迁单位拆迁补偿费，应按规定取得被拆迁单位提供的合法有效凭证。
（四）房地产开发企业支付自然人拆迁补偿费的，应按规定取得对方个人签名或者盖章的收款收据，也可以开列有个人签名或盖章的支付清单。
七、关于土地增值税清算时，扣除项目金额支付的截止时间问题符合187号文第二条清算条件的，原则上以满足应清算条件之日起或者接到主管税务机关清算通知书之日起90日内，为计算扣除项目金额支付的截止时间。
对于在上述期限内有关扣除项目仍未支付完毕的，房地产开发企业可向主管税务机关递交申请报告，经清算小组合议确定后可延长扣除项目金额支付的截止时间，但不得以此影响清算审核进度，清算审核结束前仍未支付的，不予扣除。
八、关于以合作建房形式开发房地产项目的，计算有关土地增值税计税收入和扣除项目金额问题
（一）一方出地、一方出资合作开发房地产项目，双方不成立合营企业，合作中出地方以转让部分土地使用权（房地产）为代价，换取部分房地产所有权，出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权（房地产）。
对于上述出地方以转让部分土地使用权（房地产）为代价，换取部分房地产所有权的，按187号文第三条第一项确认收入，对于出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权（房地产）的，按187号文第三条第一项分别确认土地增值税计税收入和取得部分土地使用权所支付金额。
（二）出地方以土地使用权（房地产）、出资方以货币资金作价入股，成立合营企业，从事房地产开发，建成后双方采取分配方式为：1.风险共担，利润共享的；2.按销售收入一定比例提成或提取固定利润的；3.按一定比例分配房地产的。
对于上述合营企业，以出地方土地使用权（房地产）作价入股时确认的评估价值作为取得土地使用权所支付金额；对于出地方，以土地使用权（房地产）作价入股时确认的评估价值作为转让土地使用权（房地产）所取得土地增值税计税收入。
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号，以下简称21号文）第六条规定，对于2006年3月2日以后发生的，出地方以土地使用权（房地产）作价入股，成立合营企业从事房地产开发的，应征收土地增值税。
（三）一方出资、一方出地合作开发的房地产项目，项目公司成立前为该项目各自支付的土地或工程款，能提供合法有效凭证的，允许在该项目清算时予以扣除。
九、关于房地产开发企业公共配套设施费计算扣除的问题
（一）房地产开发企业预提的公共配套设施费不予扣除。
（二）房地产开发企业向建设部门缴纳市政配套设施费并取得相应的财政专用收据的，应作为房地产开发成本的公共配套设施费计算扣除。
（三）对于按照规定应移交而未移交的公共配套按照以下原则处理：1.属于政府、公用事业单位原因不能及时接收的，经接收单位或者政府部门出具证明，由清算小组合议确定后，其成本、费用可以扣除；2.未移交的公共配套转为企业自用或用于出租等商业用途时，不得扣除相应的成本、费用。
十、关于房地产开发企业开发间接费用计算扣除的问题
（一）开发间接费用应是房地产开发企业直接组织、管理各开发项目实际发生的费用，行政管理部门、财务部门或销售部门等发生的管理费用、财务费用或销售费用不得列入。
（二）开发间接费用与开发费用中的管理费用应按照有关企业会计准则或企业会计制度的规定区分并分别核算。如划分不清的，全部作为房地产开发费用，按规定的比例计算扣除。
（三）房地产开发企业同时开发不同房地产项目时，根据受益的项目扣除的开发间接费用应是各房地产项目直接发生的实际支出并取得合法有效凭证的费用。
十一、《实施细则》第七条第三项中的金融机构应持有中国银行业监督管理委员会发放的允许进行金融贷款业务许可证。
十二、关于房地产开发企业的管理费用和销售费用计算扣除问题
（一）房地产开发企业将样板房独立于转让房地产以外单独建造的，其装修费用计入房地产开发费用；对在转让房地产内既作样板房又作为开发产品对外转让的，其样板房装修费用作为房地产开发成本的建筑安装工程费计算扣除。
（二）房地产开发企业发生的下列费用，应作为管理费用计算扣除：1.委托第三方公司进行房地产项目开发管理，支付的有关项目管理费用（工程监理费除外）；2.向上级公司缴纳的管理费；3.转让房地产过程中缴纳的诉讼费；4.为开发项目购买的商业保险。
（三）房地产开发企业向房地产管理部门缴纳的商品房预售款监督管理服务费，应作为销售费用计算扣除。
十三、房地产开发企业转让房地产时缴纳的堤围防护费、地方教育附加以及价格调节基金视同与转让房地产有关的税金予以扣除。
十四、同一房地产项目中既建造普通住宅、又建造其他商品房的，进行清算时，应分别计算增值额、增值率，分别核算土地增值税。
十五、关于扣除项目金额计算分摊的问题
（一）房地产开发企业清算单位内按下列方法和顺序计算分摊扣除项目金额：
1.对于能够按不同房地产类型直接归集的，清算时按不同房地产类型直接归集扣除项目金额。否则，按清算单位总建筑面积计算分摊扣除项目金额。
2.对于出租或自用的房地产，清算时按出租或自用房地产建筑面积计算不予扣除的扣除项目金额。
3.按已售房地产建筑面积和可售房地产建筑面积比例，计算允许扣除的扣除项目金额。对于房地产开发企业清算单位内部分可售房地产用于出租或自用的，则上述可售房地产建筑面积为已减去出租或自用的可售房地产建筑面积。
（二）房地产开发企业清算单位内发生的公共配套设施费应直接计入清算单位的扣除项目金额，不得在其他分期项目中计算分摊。
（三）房地产开发企业分期开发项目，以分期项目作为清算单位的，按下列方法和顺序计算分摊扣除项目金额：
1.对于能够按分期项目直接归集的，清算时按分期项目直接归集扣除项目金额。
2.对于不能够按分期项目直接归集，但能按各分期项目土地面积计算分摊的，按清算单位与其他分期项目之间土地面积比例计算分摊。
3.对于不能够按分期项目直接归集，也不能按各分期项目土地面积计算分摊的，按清算单位与其他分期项目之间总建筑面积比例计算分摊。
（四）房地产开发企业分期开发房地产项目，各清算单位扣除项目金额计算分摊方法应保持一致性。
（五）房地产开发企业分期开发房地产项目，部分分期项目已办理核定征收，其余分期项目不符合核定征收条件的，清算时不得核定征收土地增值税。
（六）房地产开发企业开发不同的房地产开发项目所共同拥有的公共配套设施，按各房地产开发项目之间土地面积比例计算分摊。
十六、对2010年5月25日（不含当日）前，主管税务机关已根据187号文第七条和《关于抓紧落实房地产开发项目土地增值税清算工作的紧急通知》（穗地税函[2008]399号）规定，按不低于当时预征率的征收率核定征收房地产开发项目土地增值税后，该项目中剩余的房地产有偿转让的，经主管税务机关清算小组合议后，按以下情形处理：
（一）对2010年5月25日（不含当日）前有偿转让该项目剩余的房地产的，按不低于《关于调整我市房地产开发项目土地增值税预征率的通知》（穗地税发[2007]277号）文规定预征率的核定率核定征收土地增值税。
（二）对2010年5月25日（含当日）后有偿转让该项目剩余的房地产的，原则上按不低于5%的征收率核定征收土地增值税。
十七、187号文第八条所指“清算时的扣除项目总金额”应是清算的房地产开发项目或分期项目中，经主管税务机关审核确认允许扣除的扣除项目金额：“清算的总建筑面积”应是清算的房地产开发项目或分期项目中，经主管税务机关审核确认已转让房地产的建筑面积。
十八、房地产开发项目或分期项目清算后，房地产开发企业退还属于办理清算手续前收取的房款，计算应抵退土地增值税问题。
（一）退还属于办理清算手续前收取的房款，不调减清算总建筑面积的，应根据所对应的房地产类型调减土地增值税计税收入，计算和抵退多缴的土地增值税。
（二）退还属于办理清算手续前收取的房款，调减清算总建筑面积的，应根据所对应的房地产类型分别调减土地增值税计税收入和按单位建筑面积成本费用计算的扣除项目金额，计算和抵退多缴的土地增值税。
十九、由于历史遗留问题，单位或个人购买房地产未取得购房发票，经广州市解决历史遗留的办理房地产证问题办公室解决房地产证后再转让，不能提供购房发票和评估价格的，可根据21号文第二条规定，核定征收土地增值税。
以单位或个人购买房地产所支付金额核定为《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条第（一）项取得土地使用权所支付金额和第（三）项新建房及配套设施的成本、费用或旧房及建筑物的评估价格，按有关规定计算缴纳土地增值税。
二十、本指引自下发之日起执行，尚未发出清算书面审核结果的清算项目，可适用本指引。
原《关于印发土地增值税清算工作若干问题的处理指引的通知》（穗地税函[2008]342号）、《关于印发土地增值税清算工作若干问题的处理指引（续一）的通知》（穗地税函[2009]329号）、《关于印发土地增值税清算工作若干问题处理指引（续二）的通知》（穗地税函[2010]170号）和《关于印发广州市地方税务局土地增值税清算工作若干问题处理指引（续三）的通知》（穗地税函[2011]201号）停止执行。
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