按照国家税务总局对来料加工业务税收管理的要求，结合本市实际情况，特制定本市来料加工贸易免税管理办法如下：
一、来料加工贸易免税的概念
本办法所称的“来料加工”，是指由国外客商提供一定的原材料、辅助材料、零部件、元器件、包装材料，必要时提供机器设备及生产技术，委托我国企业按国外客商要求进行加工、装配，成品由国外客商负责销售，我国企业按合同规定收取工缴费的一种贸易方式。
根据规定，出口企业取得税务机关出具的《来料加工贸易免税证明》（以下简称《免税证明》，格式附后）后，可向主管其征税的税务机关申请办理免征其加工或委托加工货物及其加工收入的增值税和消费税。本市负责出具《免税证明》的税务机关是上海市国家税务局第三分局（以下简称市财税三分局）。
二、申请开具《免税证明》的企业范围
已办理出口货物退免税认定，对外签订来料加工贸易合同并办理海关来料加工登记手册的各类出口企业，具体包括外贸企业和有进出口经营权的生产企业（以下简称来料加工出口企业）。来料加工出口企业将承接的来料加工业务再委托其他企业（以下简称加工企业）对进口料件进行加工的，由来料加工出口企业负责申请开具《免税证明》。
三、来料加工贸易的免税管理
（一）来料加工出口企业申请开具《免税证明》
来料加工出口企业应在执行来料加工合同并免税进口第一批料件后20个工作日内，凭以下资料向市财税三分局申请开具《免税证明》：
1．海关核签的来料加工登记手册（正本和加盖企业公章的复印件，税务机关留存复印件）；
2．外经贸主管部门签发的《加工贸易业务批准证》（正本，税务机关留存一联）；
3．来料加工出口企业与外商签订的来料加工合同；
4．来料加工出口企业与加工企业签订的委托加工合同（来料加工出口企业自行加工不需提供）；
5．第一批进料的进口报关单；
6．填写完整的《免税证明》（一式四联。来料加工出口企业采用委托加工方式的，应按照来料加工出口企业和加工企业分别填写，并注明加工企业的主管税务机关名称）；
7．《出口货物退（免）税认定表》（正本）；
8．税务机关要求报送的其他资料。
在合同执行中如果发生实际出口额大于合同的，来料加工出口企业应到外经贸主管部门变更《加工贸易业务批准证》，并到市财税三分局办理相应的变更手续。
（二）税务机关《免税证明》的出具
1．市财税三分局应对来料加工出口企业申报资料进行审核，对符合出具条件的，分别为来料加工出口企业和加工企业出具《免税证明》，按照《加工贸易业务批准证》内的相关金额，在《免税证明》“意见”栏内注明暂免税金额，并加盖“市财税三分局出口退税业务专用章”。留存《免税证明》第二联等资料后，将其他资料退还企业。对发生变更的，市财税三分局应按增加部分出具《免税证明》。对已出具的《免税证明》，市财税三分局应通过《来料加工核销告知书》（格式附后），告知企业《免税证明》办理核销的期限，以敦促来料加工出口企业按时办理核销。
2．对已出具的《免税证明》，市财税三分局应设立台帐，对相关内容和资料进行登记管理，并于每月3日前，将上月已出具《免税证明》的编号、来料加工出口企业或加工企业名称、纳税人识别号、来料加工登记手册号码、暂免税金额等，以书面形式（包括电子文档）告知各来料加工出口企业及其加工企业的主管税务机关。
3．来料加工出口企业为加工企业申请开具《免税证明》的，应将经市财税三分局签章的《免税证明》第一联、第四联交加工企业。
（三）企业暂免税申请的办理
1．来料加工出口企业和加工企业应按《免税证明》开立《来料加工免税申报明细表》（格式附后），并做到一一对应。根据各月实际取得的外商来料加工收入或向来料加工出口企业收取的加工收入，逐笔填写《来料加工免税申报明细表》，随同期的增值税纳税申报表一并向税务机关申请免税。
2．在办理增值税纳税申报时，来料加工出口企业或加工企业应凭下列资料，向主管税务机关申请办理免征其加工或委托加工货物及其加工收入的增值税、消费税：
（1）《免税证明》第四联（交税务机关留存）；
（2）填写完整的《来料加工免税申报明细表》（一式三联）；
（3）来料加工合同或委托加工合同（正本和加盖企业公章的复印件，税务机关留存复印件，仅第一次免税申报报送）；
（4）外销发票或收取加工费的普通发票（普通发票为正本和加盖企业公章的复印件，税务机关留存复印件）；
（5）税务机关要求报送的其他资料。
3．加工企业向来料加工出口企业收取加工费时，不得开具增值税专用发票，应开具普通发票。填开发票时，应注明所加工货物的名称、数量、加工费金额等，并在备注栏内注明《免税证明》编号。
来料加工出口企业向外商收取的加工费，应开具外销发票。
4．来料加工出口企业和加工企业应按规定将当月申请免税的加工收入填入《增值税纳税申报表》的相应栏目，即属一般纳税人的，填入表一30项“出口免征增值税货物及劳务销售额明细”栏，属小规模纳税人的，填入“免税货物”栏。同时，应按规定将来料加工耗用国内垫付料（如辅料、燃料、动力等）的进项税额转入成本。
（四）税务机关的免税核定
1．主管税务机关应将市财税三分局转送的《免税证明》明细资料，按企业分拆到各管理所，用于与企业申报资料的核对。
2．对企业每月的免税申报，主管税务机关应审核来料加工合同或委托加工合同、外销发票或普通发票等资料，对来料加工出口企业，还应根据企业提供的出口报关单号，核对海关报关电子信息（003数据）。对无电子信息或纸质凭证不符合要求的加工收入，不予免税。
3．主管税务机关应对核定的出口收入按照记账汇率进行折算，在市财税三分局确定的“暂免税金额”额度内，将当月核定的免税金额填写在《来料加工免税申报明细表》“税务机关核定免税金额”栏内，然后将《来料加工免税申报明细表》三联退还企业。对合同执行完毕的《来料加工免税申报明细表》，主管税务机关应在“税务机关核定免税金额合计”栏内加盖公章（所戳），留存一联后，一联由纳税人在核销时交市财税三分局，一联退还纳税人。
4．主管税务机关应按规定对企业的来料加工国内垫付料进项税额转出情况进行监督。根据市财税三分局出具的《来料加工贸易征税通知单》（格式附后），对逾期未办理税务核销以及不予核销部分的已免税收入，按规定进行补税和处罚。
5．对企业提交的申请资料，主管税务机关应按户按《免税证明》编号进行归并，并纳入日常纳税申报资料进行管理。
四、来料加工贸易的核销管理
（一）来料加工出口企业的核销申报
来料加工出口企业应在来料加工手册到期后90天内，凭以下资料向市
财税三分局申请办理来料加工贸易的税务核销：
1．《免税证明》（第三联）；
2．经主管税务机关核定的《来料加工免税申报明细表》（交税务机关留存）；
3．海关核签的来料加工登记手册（复印件加盖企业公章，交税务机关留存）；
4．进、出口报关单（收汇核销联正本和加盖企业公章的复印件，税务机关留存复印件）；
5．银行保证金台账或加工贸易合同结案通知书（正本和加盖企业公章的复印件，税务机关留存复印件）；
6．外汇管理部门已核签的出口收汇核销单（出口退税专用联）；
7．税务机关要求报送的其他资料。
委托其他企业进行加工的来料加工出口企业，还应提供加工企业的《免税证明》第三联及经加工企业主管税务机关核定的《来料加工免税申报明细表》（委托外省市企业加工的，可不提供《来料加工免税申报明细表》，但应提供加工费发票复印件）。
（二）税务机关的免税核销
1．市财税三分局应对企业免税核销申报资料进行审核，对确认无误的，在《免税证明》第三联“意见”栏内注明核销金额，并加盖“市财税三分局出口退税业务专用章”退还企业。对不予核销的出口收入，市财税三分局应出具《来料加工贸易征税通知单》，要求来料加工出口企业及其加工企业按规定申报纳税。
2．市财税三分局应按月对已出具《免税证明》进行清理，对逾期未办理税务核销以及不予核销的，于每月10日前，编制《来料加工贸易征税通知单》以书面形式告知各来料加工出口企业及其加工企业的主管税务机关。
五、本办法从2006年8月1日起执行（以市财税三分局出具《免税证明》的时间为准）。
对已在执行且企业未取得《免税证明》的来料加工合同，来料加工出口企业必须在8月底前，到市财税三分局申请开具《免税证明》。市财税三分局按本办法出具《免税证明》，并在《免税证明》备注栏内注明已取得的加工收入。对余额部分，主管税务机关按本办法进行免税核定。对企业逾期仍未申请开具的，市财税三分局将不予受理，并按规定予以征税。
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