第二条 我省一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构，经一般纳税人总机构申请和国税机关批准，总机构向分支机构移送货物可以不视同销售处理，分支机构销售应税货物和应税劳务应纳的增值税可以实行在分支机构所在地由分支机构申报缴纳（由主管国税机关预征）和在总机构所在地由总机构汇总结算申报（由主管国税机关汇总结算征收）的办法（以下简称“预征-结算”办法）征收管理。

　　第三条 “预征”分为按国税机关审批确定的预征率计算预征和按月依销售比例分摊法计算分配各分支机构应纳增值税预征两种。

　　第四条 申请实行“预征-结算”办法的纳税人必须具备以下资格条件。

　　（一）总、分支机均为一般纳税人。

　　（二）分支机构同时具备以下条件：

　　1、属总机构的派出机构，不具有企业法人资格，其民事责任由总机构承担；

　　2、直接从事货物的生产、经营业务，经营活动全部由总机构控制，分支机构不自行购进货物（水、电除外），所销货物只由总机构统一配送；

　　3、不独立计算盈亏和会计决算。

　　第五条 实行“预征-结算”办法的审批。

　　（一）申请实行“预征-结算”办法的一般纳税人，持总机构税务登记证、近两年相关财务报表（经营期不足两年的报近期财务会计资料）、增值税税负率、财务核算制度、所属分支机构名称、纳税人识别号和所在地（县）等资料向总机构所在地主管国税机关提出书面申请，经所在地主管国家税务局审核同意后，逐级报经上级国家税务局审批同意后执行。

　　（二）属省内跨州、市经营的，须报经省国家税务局审批同意后执行，州、市国家税务局上报省国家税务局的同时应抄送有关的州、市国家税务局；属州、市内跨县（市、区）经营的，须报经州、市国家税务局审批同意后执行，县（市、区）国家税务局在上报州、市国家税务局的同时应抄送有关的县（市、区）国家税务局。

　　（三）各分支机构所在地主管国家税务局（州、县级）须在收到企业总机构所在地主管国家税务局抄送文件的10个工作日内，将审核意见反馈上级（省、州级）国家税务局。

　　（四）预征率须附在审核意见中一并报上级国家税务局审批同意后才能执行（实行销售比例分摊法的除外）。

　　（五）分支机构预征增值税的预征率应根据纳税人最近1-2年的增值税平均税负率扣除一定比例后计算，工业企业设置分支机构的增值税平均税负率，应根据同类货物批发零售环节的增值税平均税负水平测算确定，以确保在分支机构预征的增值税不高于其实际应承担的税负水平。预征率的计算公式为：

　　预征率=增值税平均税负率×（1-扣除比例）

　　扣除比例原则上为20%.

　　第六条 应纳税额的计算。

　　（一）总机构应纳税额的计算：

　　1、总机构月末依据全部销售额和进项税额，计算当期增值税应纳税额，并凭分支机构主管国家税务局开具的完税凭证扣减其预征的税额后，计算应补（退）税额，向总机构所在地主管国税机关申报纳税。其计算公式为：

　　应纳税额=销项税额‐进项税额

　　应补（退）税额=应纳税额‐分支机构预征税额

　　2、当总机构当期销项税额小于进项税额或应纳税额小于分支机构预征增值税税额不足抵扣的，其留抵税款可结转下期继续抵扣。

　　（二）对实行由国税机关审批确定预征率预征的分支机构销售的应税货物，依核定的预征率计算缴纳增值税，不得抵扣进项税额，向分支机构所在地国税征收机关申报纳税，公式为：

　　预征税额=应税货物销售额×预征率

　　应税货物销售额为不含税销售额。

　　（三）对实行分支机构按销售收入比例分配应纳税额申报预缴增值税的一般纳税人，每月分支机构的预征税额和预征率由总机构计算。其计算公式为：

　　预征税额=（分支机构应税货物销售额÷总销售额）×应纳税额

　　预征率=预征税额÷分支机构应税货物销售额

　　第七条 纳税申报。关于发布失效或废止增值税税收规范性文件目录云国税函[2009]415号

　　第八条 税收管理。

　　（一）对总机构的税收征管：

　　1、总机构必须加强对分支机构的管理和监督，对分支机构销售的应税货物，必须按其实际销售额如实核算和申报纳税。

　　2、对批准实行增值税“预征-结算”办法的一般纳税人，其分支机构在批准执行之前已缴纳的增值税，不能冲减其总机构的应纳增值税。

　　3、总机构申报征收税款时应进行“一窗式”比对，比对内容应包括其所有非独立核算分支机构的“四小票”信息和认证报税信息。

　　（二）对分支机构的税收征管：

　　1、分支机构须持总机构税务登记证件到其所在地主管国家税务局办理税务登记和一般纳税人资格认定，一般纳税人认定条件不受年应税销售额标准以及辅导期（指商业企业）的规定限制。

　　2、分支机构可使用与总机构不同的单位名称、税务登记证号码，可按规定领购和使用增值税专用发票和普通发票，并应按规定申报纳税和报送税务机关要求报送的有关税收资料。

　　3、分支机构必须按财务会计核算的有关规定，准确核算其货物的收、销、存数量和销售额。

　　4、分支机构所在地主管国税机关事后必须对其申报抵扣增值税业务真实性进行检查核实。

　　5、分支机构“一窗式”比对时出现的“比对不符”视为正常情况的“比对不符”，不移交稽查。

　　（三）综合征管：

　　1、根据一般纳税人实际经营和纳税情况，合理确定、调整预征率，预征率原则上实行一年一定（对实行分支机构按销售收入比例分配应纳税额申报缴纳增值税办法的纳税人除外）。预征率调整按以下审批程序进行调整：属省内跨州、市经营的，须按规定重新报经省国家税务局审批同意后执行，州、市国家税务局在上报省国家税务局的同时应抄送相关的州、市国家税务局；属跨县（市、区）经营的企业须按规定重新报经州、市国家税务局审批同意后执行，县（市、区）国家税务局在上报州、市国家税务局的同时应抄送相关的县（市、区）国家税务局。上述各分支机构所在地主管国家税务局（州、县级）须在收到企业总机构所在地主管国家税务局抄送文件的5个工作日内，将审核意见反馈上级（省、州级）国家税务局。

　　2、分支机构在经营过程中购进的水、电等所发生的进项税额，其增值税专用发票由所在地主管税务机关进行认证，分支机构将认证通知单传真至总机构汇总统一进行抵扣，对增值税专用发票上购货单位名称、纳税人识别号（分支机构单位名称）与总机构名称、纳税人识别号不一致的，可视同购货单位一致予以抵扣。

　　3、主管国家税务局应对分支机构的税款缴纳情况和发票使用情况进行日常管理和稽核检查，并加强与总机构所在地主管国家税务局的联系和协作，确保纳税人总、分支机构应纳增值税及时足额入库。

　　4、总机构所在地主管国家税务局须按年组织分支机构所在地主管国家税务局参加配合对实行“预征-结算”办法的一般纳税人进行增值税纳税清算评估，重点评估总、分支机构购销货物、纳税申报的真实性。评估过程中分支机构所在地主管国家税务局应将评估情况反馈总机构所在地主管国家税务局，评估结束后总机构所在地主管国家税务局应将评估结果反馈纳税人分支机构所在地主管国家税务局；属省内跨州、市的，总机构所在地主管国家税务局应将评估结果报省国家税务局备案。

　　5、凡已实行增值税“预征-结算”办法的一般纳税人新增设的分支机构，需要实行增值税“预征-结算”办法的，须将其新增设的跨地区分支机构名单和有关资料分别报总机构及分支机构所在地主管国家税务局备案后，可按原批复执行，不再另行审批（预征率调整、政策变动等特殊情况外）。

　　第九条 违规处理。

　　（一）各级国税部门应加强对实行增值税“预征-结算”办法的一般纳税人的管理和评估。凡实行增值税“预征-结算”办法的一般纳税人的分支机构，若因隐瞒销售收入等原因而发生偷、逃税行为的，应按其隐瞒的实际销售额和销售货物的适用税率（17%或13%）计算应补增值税税额，在分支机构所在地主管国税机关补缴，其已补税款不能在总机构的应纳税额中抵减。

　　（二）对由于总机构管理不严造成国家税款流失或分支机构弄虚作假偷逃国家税款的，一律取消执行“预征-结算”办法，同时视不同情况按有关规定予以处理。

　　第十条 享受即征即退的民政福利企业和“免、抵、退”税的工业企业以及涉及其他特殊情况的不适用于本办法。

　　第十一条 本办法由云南省国家税务局负责解释。

　　第十二条 本办法自2006年1月1日起施行；原《云南省国家税务局关于对增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的通知》（云国税发[1999]269号）、《云南省国家税务局关于对增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的补充通知》（云国税函[2000]31号）、《云南省国家税务局关于增值税一般纳税人跨地区设置非独立核算分支机构征收增值税有关问题的补充通知》（云国税函[2004]870号）等文件同时废止。