基本情况
大连市某物流有限公司成立于2002年1月28日，系国有企业，经营范围为公路、铁路、水路货物运输，注册资金4500万元。
案头分析
大连市中山区国税局评估人员通过税收管理员系统查询得知，该公司为增值税小规模纳税人，企业所得税在国税缴纳，适用所得税率25%.评估人员对CTAIS系统中各项报表进行了全面系统的分析、对比后发现，该公司存在以下疑点。
1.与2007年相比，该公司2008年利润变动率大于50%.根据新的《企业所得税法》规定，自2008年起，企业所得税率降低至25%.该公司2008年利润总额为何会有如此大的增加？是否存在将2007年利润转增至2008年，从而利用税率降低政策逃避缴纳税款的可能？
2.该公司自行申报的营业成本高达3144万元，而其中工资、薪金和业务招待费支出就占据了1/3，达1000万元，其成本是否真实、可信？其各项费用支出是否进行了合理调整？
3.2008年该公司投资收益达290万元，其转让收入是否准确？收回投资的成本结转方法是什么？有没有按照权益法结转而少申报投资收益的可能？
实地核查
带着案头分析的疑问，评估人员到该公司进行了实地核查。评估人员了解到，该公司业务流程比较单一，主要经营船务代理业务，主营业务收入是代理费收入。该公司是总机构，分别在哈尔滨、沈阳、长春和营口设有4家分支机构。
评估人员首先对该公司2008年利润剧增的情况进行了核实。根据新的《企业所得税法》的规定，2008年公司及其下属分支机构要采取“分季预缴，年末由总机构汇总缴纳”的计算方法缴纳企业所得税。即该公司2008年申报的利润总额1789万元是汇总数据，其中不仅包括总机构的利润总额，也包括了4个分支机构的利润总额。而2007年该公司利润总额1038万元，仅为其自身的利润总额，因此该公司2个年度利润变动率才出现了大于50%的现象。
接着，评估人员对该公司的营业成本和各项费用进行了核查，确认了该公司48.83%的毛利率也在行业毛利率的合理范围之内。
随后，评估人员检查了该公司的工资、薪金等费用的发放情况，确认虽然金额较大，但发放情况属实，允许其进行全额列支。但是在对该公司成本费用的核查中，评估人员发现了2个问题。一是该公司年终答谢酒会花费20万元直接列入管理费用而未计入业务招待费，造成多列费用；二是该公司将本不属于本公司房产的固定资产折旧15万元计入公司费用。因此，这两项应进行调增企业应纳税所得额的处理。
评估人员继续沿着之前确定的思路深入调查了该公司的股权投资收益情况，并逐渐揭开了其投资收益确认中的问题。
1.该公司股权投资转让所得都是以“权益法”结转成本，而根据新的《企业所得税法实施条例》的相关规定，股权投资转让如果以现金购买，则必须以股权购买时的价款作为转让成本。企业的做法和《条例》的规定明显不同，因此最终确定的投资收益也肯定不同，企业是否在进行纳税申报时调增了这部分所得呢？
2.2008年该公司在企业所得税申报表附表11中自行申报了3个长期股权投资转让项目，转让所得为290万元。但该公司实际转让的股权投资项目并非只有3个，而是5个。除了企业已经自行申报的3个项目外，还有2个并未上报。
3.2002年12月该公司以现金形式投资于大连甲公司1200万元，持股比例为80%，2008年末被投资的甲公司进行了破产清算，那么该公司如何确定这部分投资收回金额呢？
针对这些情况，评估人员按照《企业所得税法》及其实施条例的要求重新计算了该公司相关的投资收益。
1.该公司对丹东、锦州、中西部、大连4家公司的股权转让情况按照权益法计算的投资收益在所得税申报时应按照税法规定申报，公司计算的投资收益额与按照税法计算的投资收益额相差372万元，应予调增。
2.该公司对大连甲公司的股权投资资料显示，甲公司已于2002年12月依法进行了清算。甲公司清算资料显示2008年公司从甲公司分回的剩余资产为1200万元。根据《企业所得税法实施条例》的规定，被投资的甲公司连年亏损，其各年净利润按持股比例计算的投资收益为负，因此应冲减公司的投资成本。而按税法计算的投资收益中，同样也是要以原始购买价格为投资成本，因此在计算时，税法确认的投资成本比企业确认的投资成本多114万元，应予调减。
通过以上分析计算，评估人员基本弄清了企业的股权转让及投资收益。汇总计算，按照《企业所得税法》确认的投资收益比企业自行申报确认的投资收益多258万元，因此应调增应纳税所得额258万元。
3.该公司2008年用库存轮胎9420元和船舶燃料16万元抵顶了应付账款，应作销售处理。该公司是增值税小规模纳税人，所以此项业务应补征增值税0.5万元。
评估处理
大连市中山区国税局根据《企业所得税法实施条例》，责令该公司补缴企业所得税73万元。根据《增值税暂行条例》的规定，责令该公司补缴增值税0.5万元。根据《税收征管法》的规定，对该公司加收滞纳金3万元。
（本案例由大连市中山区国税局提供）
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