根据《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》和财政部、国家税务总局有关文件规定，现对企业所得税若干政策问题明确如下：
一、核定征收企业所得税的有关问题
1、按照《企业所得税核定征收办法》（国税发[2008]30号）采用核定应税所得率办法缴纳企业所得税的纳税人，其应税收入额为收入总额减除税法规定的不征税收入、免税收入后的余额。
2、采用核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，从事建筑业总承包，交通运输业中联托运、货代、船代，广告代理业，旅游业向客户统一收取帐款开具发票，再对业务进行分割经营的，在计算核定征收企业所得税时，应税收入额可参照营业税有关规定抵减对外分割的业务部分。
3、采用核定应税所得率征收企业所得税的纳税人取得主营业务以外的转让财产收入（包括转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等取得的收入），若该项财产转让的收入和计税基础能准确核算的，经主管税务机关确认后可把转让财产收入全额减除财产净值和实际支付的与转让财产相关税费后的余额（如余额为负数按零）计入应纳税所得额计算企业所得税。
上述财产净值为有关财产的计税基础减除按税收规定的下限（最低折旧、摊销年限等）计算的可在税前扣除的折旧、折耗、摊销等后的余额。
4、根据财政部、国家税务总局财税[2009]69号文件有关规定，按照《企业所得税核定征收办法》（国税发[2008]30号）缴纳企业所得税的企业，在不具备准确核算应纳税所得额条件前，暂不适用小型微利企业适用税率。
上述企业从2009年8月1日纳税申报起对原预缴时少缴的当年度税款进行补缴。具体操作为：2009年7月底上述企业纳税鉴定中的税率从20%统一恢复为25%。按照累计应缴数（按25%税率）减去累计已缴数计算当期应纳税额的计算方法，8月份应申报数已包含2009年应补缴税款。要求各地税务机关在2009年7月31日前，做好对相关纳税人的通知和政策辅导工作。
5、采用核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，经营建筑业的应税所得率从2009年1月1日起调整为4%。
6、核定征收企业所得税的建筑业纳税人，外出经营时在施工地已按营业收入带征了个人所得税的，其该部分营业收入在注册地不再带征个人所得税。
二、股权投资所得税处理有关问题
1、根据《中华人民共和国企业所得税实施条例》第七十一条的规定，企业在转让或者处置股权投资时，股权投资的成本，准予扣除。
当企业转让或者处置股权投资取得的收入低于股权投资的成本时（除通过证券交易场所买卖股票、产权交易中心公开挂牌拍卖外），其损失的股权投资成本部分按照《企业资产损失税前扣除管理办法》等有关规定经税务机关审批后在税前扣除。
2、企业2008年末按照国税函[2008]264号文件第二大点第（一）小点规定尚未在税前扣除的因收回或清算处置股权投资而发生的权益性投资转让损失余额可在2009年度企业所得税前一次性扣除。
3、2008年度前（含2008年度）已按国税函[2008]264号文件第二大点第（二）小点规定作递延所得处理的转让、处置持有5年以上的股权投资所得、非货币性资产投资转让所得、债务重组所得和捐赠所得，其余额可在原规定的递延期间的剩余期间内继续均匀计入各纳税期间的应纳税所得额；企业2009年度取得的上述所得按新税法的规定确认所得的实现（债务重组所得占当年应纳税所得额50%以上的可按财税[2009]59号文件规定，在5年内均匀计入各年度的应纳税所得额）。
三、企业清算业务企业所得税处理的有关问题
1、企业终止经营后必须在办理注销登记前，按照《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）文件的规定进行清算所得所得税处理。
2、企业因迁址、税法规定不需清算的重组等非终止经营行为（工商营业执照办理迁移、不注销）导致的变更、注销税务登记的，不需进行清算企业所得税处理。
3、税务机关对清算企业申报的资产可变现价值有疑问的可以要求提供资产评估机构的评估报告。
4、经营期间采用核定征收企业所得税办法的企业终止持续经营后也应按上述规定进行清算所得税处理；其资产净值的计算可参照本函第一大点第3小点中财产净值的计算方法。
四、《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]118号)执行中的需注意的几个问题
1、文件所适用的对象是企业为生产产品、提供劳务或经营管理而持有的固定资产和土地使用权；作为构成产品要素而持有的非货币性资产（如用于房地产开发的土地使用权等）不得参照执行。
2、文件第二大点第（一）小点中“固定资产重置或改良支出、技术改造支出”应包括“各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用”。
3、企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的重置固定资产，使用时间未超过12个月发生对外转让行为的，应把已抵扣的政策性搬迁或处置收入计入转让年度的应纳税所得额。
4、采用核定应税所得率征收所得税的企业取得符合国税函[2009]118号文件规定的政策性搬迁或处置收入，可参照本函第一大点第3小点的方法计算。
五、固定资产折旧的有关问题
1、根据国税函[2009]98号文的有关规定在新税法实施后对原已投入使用的固定资产，可以重新确定其残值，新的残值一经确定不得变更。
2、除《国家税务总局关于企业固定资产加速折旧所得税处理有关问题的通知》（国税发[2009]81）文件规定的加速折旧情况外，企业财务实际发生的按不低于《中华人民共和国企业所得税实施条例》第六十条规定的最低折旧年限采用直线法计算的折旧额，准予在税前扣除。
六、关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征管的有关问题（国税函[2009]221号文件具体执行口径）
根据国税函[2009]221号文件精神，为便于具体操作，现把总分机构不同情况下的所得税征管地点明确如下：
（一）、领取了非法人营业执照的分支机构
1、若能向分支机构所在地税务机关提供总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等有效证明的，按国税发[2008]28号文件执行。
2、若无法提供上述有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
（二）、未领取非法人营业执照的分支机构
1、若同时符合以下二个条件的，该分支机构在向经营地税务机关报验登记后，其经营所得由总机构统一计算缴纳企业所得税，分支机构在经营地不预缴企业所得税：
（1）分支机构持有总机构主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》（以下简称《外管证》）；
（2）能提供由总机构出具并由总机构主管税务机关确认的该分支机构在财务、业务、人员等方面纳入总机构统一核算和管理的证明。
2、若未同时符合上述二个条件的，由经营地税务机关根据其经营实际情况按有关规定征收所得税（在经营地如需要开具总机构名义发票的，则按规定征收企业所得税，其他按规定征收个人所得税）。
七、关于市内企业跨县（市）区开发经营房地产项目所得税处理的补充意见
甬地税一[2009]98号文第五点第二小点第一条调整为：
企业在项目所在地税务机关规定的纳税申报期间取得的销售未完工开发产品收入按以下计算办法向项目所在地税务机关申报缴纳企业所得税。
当期应纳税额（项目地）=（当期销售未完工开发产品收入*70%*预计计税毛利率-当期销售未完工开发产品收入对应的营业税金及附加）*25%
甬地税一[2009]98号文第五点第二小点第二条补充如下：
若企业年度汇算清缴发生应退税款大于当年度在注册地税务机关实际缴纳的税款时，注册地税务机关不足退还部分，由项目地税务机关在企业当年实际缴纳的税款中退还。
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