《特别纳税调整实施办法（试行）》第五章“转让定价调查及调整”共18条，其内容涵盖了企业转让定价调查及调整的重点、税务机关的工作程序及所使用的表格文书等。
一、《办法》的主要规定
（一）转让定价重点调查企业
《办法》第二十九条共列举了七大类重点调查企业：
1.关联交易数额较大或类型较多的企业；
2.长期亏损、微利或跳跃性盈利的企业；
3.低于同行业利润水平的企业；
4.利润水平与其所承担的功能风险明显不相匹配的企业；
5.与避税港关联方发生业务往来的企业；
6.未按规定进行关联申报或准备同期资料的企业；
7.其他明显违背独立交易原则的企业。
（二）转让定价调查程序
1.案头审核。《办法》规定税务机关应结合日常征管工作，开展案头审核，确定调查企业。案头审核应主要根据被调查企业历年报送的年度所得税申报资料及关联业务往来报告表等纳税资料，对企业的生产经营状况、关联交易等情况进行综合评估分析。
2.现场调查。《办法》规定了现场调查的3种方式：询问、调取账簿资料、实地核查。需要指出的是，询问当事人应有专人记录《询问（调查）笔录》，并告知当事人不如实提供情况应当承担的法律责任。
3.调查结论。经调查，企业关联交易符合独立交易原则的，税务机关应做出转让定价调查结论，并向企业送达《特别纳税调查结论通知书》。对不符合独立交易原则而减少其应纳税收入或者所得额的，则进入转让定价纳税调整程序。
（三）转让定价调查要求
1.资料要求。《办法》规定必须在主管税务机关规定的期限内提交资料。资料提供者不仅仅限于被调查的企业，还包括其关联方和其他相关企业。企业因特殊原因不能按期提供相关资料的，经批准，可以延期提供，但最长不得超过30天。而对被调查企业的关联方以及可比企业，税务机关有权向其发出《税务事项通知书》，要求其提供相关信息和资料。期限上，采取约定的方式，约定期限最长为60天。
2.取证要求。《办法》第三十五条规定：在调查中对涉及关联方和可比企业取证时，需要向企业送达《税务检查通知书》。《办法》第三十六条还规定：对关联方及可比企业提供的相关资料，可采用现场调查、发函协查、查询公开信息、情报交换等手段，甚至对涉及境外关联方的相关资料，也可要求企业提供公证机构的证明。
3.特殊要求。
（1）非公开信息资料。《办法》第三十七条规定：税务机关应选用合理的转让定价方法分析、评估企业关联交易是否符合独立交易原则，分析评估时可以使用公开信息资料，也可以使用非公开信息资料。
（2）资本性调整。《办法》第三十八条规定：税务机关分析、评估企业关联交易时，因企业与可比企业营运资本占用不同而对营业利润产生的差异原则上不做调整。确需调整的，须层报国家税务总局批准。
（3）单一职能、低风险调整。《办法》第三十九条规定：按照关联方订单从事加工制造，不承担经营决策、产品研发、销售等功能的企业，不应承担由于决策失误、开工不足、产品滞销等原因带来的风险和损失。
（4）抵消交易。《办法》第四十条规定：相互抵消的交易原则上将会被单独分析以确定其是否各自遵循了独立交易原则。例如，某企业向其境外关联方采购原材料，作价为1000万元，同时，向同一关联方提供某种劳务服务，作价为200万元。因为是同一关联方，通过抵消交易，原材料的采购款支付时只需要800万元。按《办法》规定，需要将800万元的采购款还原为1000万元来审核其是否符合独立交易原则。
（5）中位值调整。《办法》第四十一条规定：税务机关采用四分位法分析、评估企业利润水平时，企业利润水平低于可比企业利润率区间中位值的，原则上应按照不低于中位值进行调整。
（四）转让定价调整及跟踪
《办法》第四十三条至第四十五条规定了转让定价调整的程序以及后续跟踪管理的相关事宜。实施调整大体分为以下程序：制定初步调整方案、相互协商、确定最终调整方案。
二、《办法》与原法规的主要差异
（一）调查重点有所不同
原来的《关联企业间业务往来税务管理规程》（以下简称《规程》）列举了重点调查审计对象的十大原则。《办法》对其进行了整合，列举了七大类重点调查企业，和《规程》相比，主要有以下几个方面的不同：
1.重点调查范围有所扩大。首先，增加了关联交易类型较多的企业为重点调查对象；其次，为了配合《办法》对关联申报或准备同期资料的要求，增加未按规定进行关联申报或准备同期资料的企业为重点调查对象最后，强调只要是明显违背独立交易原则的企业也要纳入重点调查范围。
2.明确对内关联调查的原则。《规程》对企业国内关联交易是否需要进行重点调查，并未明确。《办法》则明确了对内关联调查的原则。只要交易没有直接或间接导致国家总体税收收入的减少，原则上不做转让定价调查、调整。
（二）调查取证更为严厉
1.强调被询问人的法律责任。《办法》规定被询问人不如实提供情况需承担法律责任。
2.取证方式更为丰富。《办法》规定可以以记录、录音、录像、照相和复印的方式索取与案件有关的资料。同时，还增加了证人作证这一方式。
3.资料提供对象有所扩大。资料提供者不仅仅限于被调查的企业，同时，还包括其关联方和其他相关企业。资料提供者在范围上的外延，同样也是调查取证力度加强的表现之一。
4.强化可比性分析。《办法》不仅要求企业按照规定提供《企业可比性因素分析表》，同时，也要求税务机关在此基础上认真审核，填制《企业可比性因素分析认定表》，并由被调查企业核对确认。《办法》对税企两方都做出要求，意在强调和重视可比性因素的分析，使分析做到实处，而不仅仅只是处于某种形式。
（三）调整程序更加清晰
与《规程》相比，《办法》在转让定价调整阶段的规定，程序更为清晰。整个调整程序依次为：制定初步方案、展开协商谈判、做出审议决定、送达初步调整文书、再次协商审议、送达最终调整文书。
（四）跟踪管理年限适当延长
《办法》第四十五条整合了《规程》第十一章的内容，并把跟踪管理期限由3年延长至5年。同时，要求企业在跟踪年度的次年6月20日之前，提交年度同期资料。
三、实务中税企双方需要关注的问题
（一）关注导致转让定价调查的导火索
从实践来看，引起税务机关对企业进行转让定价调查的一个重要原因是企业长期亏损或低盈利。在税务机关看来，这些企业可能并未显示真正的公平交易，因为很少有独立的企业能经受长期的亏损。此外，部分行业可能也会引起税务机关的关注，特别是商品的最终价格和制造成本相差很大、涉及无形资产的行业，如医药、电子、化工等。
此外，由于在《办法》列举的七大类重点调查企业中，未能按规定进行关联申报或准备同期资料的企业被纳入了重点调查范围。因此，企业需要重视和做好同期资料准备工作。
（二）企业应认真对待税务机关的询问
在以前的转让定价调查过程中，被询问人往往会回避敏感问题，对所提出的问题以敷衍的态度来回答，甚至隐瞒真实情况和提供虚假情况。《办法》加强了税务调查人员的取证力度，对以往调查人员所面临企业的拖延、隐瞒等不利于工作开展的消极态度和因素给予了强有力的回击，使税务人员在调查取证过程中的执行手段更加具有法律依据。因此，企业面对税务机关的询问，需要认真对待。
（三）关联方提供资料的义务可能会转嫁到被调查企业
《办法》规定转让定价调查涉及向关联方和可比企业取证的，税务机关向企业送达《税务检查通知书》，进行调查取证。从表面上看，只是下发一个文书。但从实质上看，《办法》对关联方及可比企业协助、配合税务机关的转让定价调查给予了一定的法律意义上的强制性。由于关联方基本上都在境外，因此，税务机关对关联方提供资料的要求，可能会转嫁到被调查企业。被调查企业成为关联方与税务机关之间的沟通桥梁，将相关资料替关联方转交给税务机关。
（四）非公开资料将有利于税务机关的调查调整
按照国际惯例，在进行转让定价分析评估时，主要以公开信息资料为主。这是为了体现公平原则，便于税企双方之间针对对方的可比性分析及其结论，进行进一步的举证和磋商。但《办法》规定税务机关可采用非公开信息资料，这在一定程度上会使被调查企业处于不利的局面。那些通过税务机关内部的征管系统获取的、不对外公开的纳税数据和经营数据一旦被采用，意味着这些数据相比公开数据而言，可比性更高。而且在此基础上形成的调整方案，可能将导致企业补缴更多的税款。
（五）低职能风险的企业应保持相对稳定的利润
《国家税务总局关于调查承担单一生产功能外商投资企业和外国企业纳税情况的通知》（国税函[2007]236号）规定：契约制造企业必须保持同其职能和风险相称的台理利润水平。《办法》重申了此观点，并强调承担单一制造加工职能、不承担经营决策、产品研发、销售等功能的企业不应当承受由于决策失误、开工不足、产品滞销等原因带来的风险和损失。从实践中看，被调查企业往往强调市场因素、竞争因素导致定单不足，为自己的亏损进行辩解。但税务机关则认为，企业仅仅是按照关联方的订单为其制造加工产品，不应当承担因产量不足所导致的利润亏损，而应保持稳定的利润水平。
（六）把握协商谈判的最后机会
从实践来看，初步调整方案是最终调整方案的基调。大多数情况下，税务机关在各种调查、论证、可比性分析的基础上制定出的初步调整方案，基本上显示出税务机关调整的目标和决心，除非出现重大原因，如可比性分析的不准确、转让定价方法的不适用等问题，否则，初步调整方案经过协商后，一般不会出现重大变化。因此，企业应该把握最后的申述机会。在协商谈判阶段，如果企业不能提交更具有说服力的新证据，税务机关极有可能会坚持其初步调整方案。协商谈判过程的重点往往集中在某一个或几个焦点问题上。协商谈判的结果，往往取决于税企双方的执着程度和谈判技巧，当然也包括对这些焦点问题的处理方式。
