1、纳税人报送
　　企业为开发新技术、新产品、新工艺发生了研究开发费用，应在次年3月底前，向主管税务机关办税服务大厅综合窗口报送《企业研究开发费用加计扣除情况备案表》(一式三份)及其附表一：《    项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》(一式三份)、附表二：《研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用归集表》(一式三份)并附送下列资料(一式一份，综合窗口一份)：
　　(1)自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算；
　　(2)自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；
　　(3)自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表；
　　(4)企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
　　(5)委托、合作研究开发项目的合同或协议；
　　(6)研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料；
　　(7)税务机关要求的其他资料。
　　2、综合窗口受理
　　综合窗口对提供资料的完整性、逻辑关系、填写内容是否齐全进行审核，对不符合要求的，不予受理，发给企业《不予受理通知书》；对企业资料不齐全的，要求企业补正，发给企业《补正材料告知书》。审核无误的，受理纳税人申请，开具《文书受理回执单》交纳税人，并即时将资料转相应的税源管理部门。
　　3、税源管理部门调查、审核
　　税源管理部门接到受理人员转来的申请资料后，应按照下列要求进行实地调查、审核，并于10个工作日内制作《税务事项调查核实表》对具体的审核项目作出明确说明，并在《企业研究开发费用加计扣除情况备案表》签署意见，将相关资料转税政部门。
　　审核重点：
　　(1)调查核实纳税人提出申请的时间是否符合规定；
　　(2)企业财务核算是否健全并能按照《企业会计准则》及《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》(财企【2007】194号)规定准确核算并归集研究开发费用；
　　(3)对企业发生的研究开发费用的真实性进行审核；
　　(4)对企业发生的研究开发费用归集的准确性进行审核，对于不属于加计扣除范围的下列支出应给予剔除：
　　a.企业为直接从事研发活动的在职人员缴纳的社会保险费、住房公积金等费用、企业研发机构的管理人员费用以及外聘研发人员的劳务费用；
　　b. 企业研发部门发生的用于非本企业研发活动的仪器设备折旧费；用于非研发活动的仪器设备折旧费；房屋、建筑物以及其他固定资产折旧费；
　　c、研发活动的试制品或研发产品直接对外销售或作为企业用于销售产品的组成部分的，其研发品成本中的材料、燃料及动力等费用；
　　(4)审核企业的研究开发活动是否是创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品(服务)而持续进行的具有明确目标的研究开发活动；
　　(5)企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除；
　　(6)主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书；
　　(7)税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团成员公司设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照省税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费。
　　4、税政部门审核
　　税政部门接到税源管理部门的信息后，对纳税人情况进行审核，对有异议的，可直接进行实地调查或转税源管理部门进行复查。税政部门在《企业研究开发费用加计扣除情况备案表》中签署意见，报主管局长核准后，税政部门留存一份《企业研究开发费用加计扣除情况备案表》，将相关资料转送综合窗口。
　　5、办税服务厅送达
　　办税服务厅接到税政部门的相关资料后，制作《税务事项通知书》。纳税人凭《纳税文书受理回执单》到综合窗口领取核准结果。
　　6、资料归档
　　资料由办税服务厅收集、整理，于5个工作日内转档案管理部门。
　　7、应用文书
　　(1)《税务文书受理回执单》(或《不予受理通知书》或《补正材料告知书》)
　　(2)《企业研究开发费用加计扣除情况备案表》
　　(3)附表一：《　项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》
　　(4)附表二：《研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用归集表》
　　(5)《税务事项调查核实表》
　　(6)《税务事项通知书》
　　(7)《税务文书送达回证》