一、税务机关调增企业应纳税所得额的税务处理问题

　　经税务机关审核调增的应纳税所得额，不论调整后企业是否盈利，均应按企业适用的税率和征管法规定的处罚标准计算确定处罚数额，据以处罚。

　　经税务机关调整后，企业应纳所得税额的计算按照税法有关规定执行。《关于加强外商投资企业和外国企业所得税管理的若干办法》（闽国税外[1997]3号，以下简称《办法》）第二条第（一）款第2项规定停止执行。

　　二、企业购进货物取得白条的税务处理问题

　　外商投资企业和外国企业购进货物未按规定取得发票的，在计算企业应纳税所得额时不得列支。《办法》第四条第 （一）款规定停止执行。

　　三、出口企业增值税免税管理问题

　　来料加工企业和小规模纳税人出口货物在按月进行增值税纳税申报时，可预免工缴费和出口货物的增值税。企业出口单证的管理比照“免、抵、退”税管理的有关规定执行。

　　四、技术开发费加成扣除问题　注：根据福建省国家税务局关于发布第二批已失效或废止的税收规范性文件目录的通知（闽国税发[2007]125号），本文第四条自2007.7.30日起停止执行

　　五、外商投资项目的界定问题

　　外商投资企业和外国企业购买国产设备申请抵免企业所得税时，由主管税务机关审核其是否属于《外商投资产业指导目录》规定的国家鼓励项目。税务机关判定不准的，可要求企业提供其项目可行性研究报告的审批单位（外经贸委、计委或经贸委）出具的《国家鼓励发展的内外资项目确认书》。

　　六、高新技术企业享受所得税优惠问题

　　科委对高新技术企业每两年核定一次，经核定不再具备高新技术企业条件的予以取消高新技术企业资格。为加强管理，高新技术企业在年度所得税汇算清缴时，应向税务机关提供由科委出具的高新技术企业认定证书和近两年核定合格证明，方能享受《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十三条和第七十五条有关高新技术企业的税收优惠。